Целью данной работы является изучение системы оценки качества образования в условиях управления рисками в деятельности высших учебных заведений. В работе определено понятие «риск в системе высшего образования». Методологической основой исследования являются положения теории системного анализа, концепции процессного управления и управления по результатам; положения о социальной, деятельностной, творческой сущности личности и ее многофакторном характере развития эффективности процесса управления и обоснование его критериев и показателей; системно-структурный подход, его применение в теории и практике педагогической науки; деятельностный подход, управление качеством образования, методология педагогических исследований. Также приводится подробный анализ исследований отечественных и зарубежных ученых в области стратегического управления и обеспечения качества в высших учебных заведениях, использования управления рисками и процессами в высших учебных заведениях. Авторы предлагают методологию выявления и управления рисками в высших учебных заведениях, которая предполагает обнаружение, идентификацию и устранение рисков. Для предотвращения рисков рекомендуется разработать карту управления рисками, которая определяет значимость и вероятность их возникновения. Авторы рассмотрели оценку рисков, а также их категории. Оценка рисков позволяет получить конструктивную информацию и анализ, рассмотреть конкретные риски и принять обоснованное решение о выборе вариантов. В исследовании определены основные выгоды и ключевые преимущества проведения оценки рисков. Также были даны рекомендации по снижению возникновения рисков в процессе деятельности Казахского агротехнического исследовательского университета им. Сакена Сейфуллина. Приведенные выше элементы могут быть использованы не только для организации учебного процесса в университете, но и для развития его системы менеджмента качества.